"Perang antara Jepang dan Amerika telah memasuki babak akhir. Presiden Roosevelt telah memberi lampu hijau untuk menjalankan Project Manhattan. Hal itu berarti bom nuklir akan dijatuhkan di Jepang. Targetnya adalah... kapal perang Yamato!! Bagaimana nasib Kurusu!? Dapatkah dia menyelamatkan Yamato dan juga dirinya!? Inilah akhir kisah Phantom of Battleship Yamato!!" ...

Perang antara Jepang dan Amerika pun memasuki babak akhir di Okinawa. Pasukan Amerika yang dipimpin oleh Jenderal Halsey memiliki jumlah pasukan yang lebih banyak dibandingkan pasukan Jepang, namun di sinilah strategi militer Jepang bergerak. Keunggulan Amerika menjadi sia-sia! Ditambah lagi, ada pesan darurat dari Presiden Roosevelt... ...

Tentara Amerika mulai bersiap untuk melakukan mendaratan di Okinawa untuk menghancurkan Jepang. Sementara itu, politik dalam negeri Jepang mengalami kekacauan akibat kekalahan militer Jepang berturut-turut dalam melawan Amerika. Sedangkan Isoroku Yamamoto yang sedang kembali ke Jepang memiliki keinginan untuk mengubah tiga kejadian sejarah. Apa sajakah kejadian sejarah tersebut!? Mampukah Isoroku mewujudkannya!? ...

Panglima Yamamoto datang ke garis terdepan di Rabaul walaupun dicegah oleh stafnya. Amerika yang mengetahui berita ini hendak membunuh Yamamoto pada saat dia sedang terbang menuju Rabaul. Apakah Yamamoto akan mati sesuai dengan fakta sejarah!? Apa pesan Yamamoto kepada stafnya untuk satu tahun mendatang!?  ...

Kurusu Uehara adalah seorang pemuda biasa yang belum menentukan masa depannya. Suatu hari, saat mengikuti ayahnya, seorang sutradara acara televisi, untuk membuat film dokumenter berlatar belakang kapal perang Yamato, Kurusu tiba-tiba pingsan. Hal itu membuatnya terbawa ke masa lalu di mana kapal perang Yamato masih berlayar dengan gagah pada Perang Dunia II. Dengan bantuan Kaiba, seorang kelasi satu di kapal perang Yamato, dimulailah game perang dengan menggunakan Yamato!! ...

Berkat bantuan dari Kurusu, Angkatan Laut Kekaisaran Jepang berhasil mengalahkan Amerika di Laut Pasifik Selatan. Hal tersebut membuat Amerika langsung memikirkan langkah selanjutnya untuk mengalahkan Jepang. Namun hal tersebut menimbulkan keganjilan di masa kini!! Kurusu yang tidak mengetahui penyebab keganjilan tersebut harus kembali ke masa lalu untuk menyaksikan pertempuran armada kapal Jepang dan Amerika!! ...

Kurusu kembali lagi ke Yamato untuk mengembalikan sejarah seperti sebelumnya. Namun untuk itu, dia harus meyakinkan Panglima Yamamoto untuk melanjutkan perang dengan Amerika, padahal beliau sedang dalam perjalanan ke Amerika untuk melakukan negosiasi damai. Apakah Jepang tetap akan berdamai dengan Amerika!? Mungkinkah Jepang kembali seperti semula!? ...

Dokumen rencana operasi jepang jatuh ke tangan Amerika. Segala prediksi mengenai pergerakan Amerika dan rencana pergerakan Jepang tertulis dengan rinci dalam dokumen tersebut utnuk menyergap Jepang. Namun, teryata rencana Amerika tidak berjalan sesuai rencana. Jebakan apa yang terdapat dalam dokumen tersebut?  ...

Pertempuran Mariana dimulai! Amerika percaya diri dengan berbagai peralatan canggih dan mutakhir yang dimiliki. Namun, Jepang juga tidak kalah karena memiliki strategi yang hebat dan semangat pantang menyerah. Mampukah Jepang mengalahkan Amerika!? Bagaimana mereka memanfaatkan informasi yang didapat dari Kurusu!?  ...

Pertempuran di Mariana pun segera berakhir. Kurusu yang kembali lagi ke zaman perang, mulai mengetahui siapa yang membawanya ke zaman tersebut. Kurusu masih punya kesempatan terakhir untuk dapat kembali lagi ke zamannya di masa depan. Dapatkan Kurusu membuka pintu untuk kembali ke masa depan!? Bagaimana kelanjutan pertempuran antara Jepang dan Amerika!? ...

Panglima Yamamoto mengabaikan rencana Kurusu dan melakukan perang konfrontasi dengan Tentara Amerika. Hal ini ternyata membuat masa depan Jepang jauh berubah. Kurusu yang melihat penyimpangan tersebut hendak memperbaiki situasi. Bisakah Kurusu mengembalikan Jepang menjadi tempat yang dia tinggali sebelumnya!? ...