Hyota, seorang pengamen jalanan, berhasil menggulingkan Heike sebagai Yoshitsune menggantikan Ushiwaka. Namun, setelah identitasnya terkuak, Yoritomo malah memutuskan untuk membunuh Yoshitsune.  Sementara itu, Minamoto no Yukiie datang menemui Yoshitsune untuk mengajaknya melakukan pemberontakan terhadap Kamakura! ...

Setelah Taira no Noritsune bunuh diri dan Kaisar cilik menceburkan diri ke laut, Perang Dannoura berakhir dengan kemenangan klan Genji. Namun, saat Genji membuka zaman baru, Yoritomo mengetahui bahwa ternyata selama ini Hyota menggantikan peran Ushiwaka, teman masa kecilnya!! ...

Yoshitsune yang tadinya berada dalam situasi genting berhasil membalik situasi berkat taktiknya. Namun, yang telah menunggu Yoshitsune di tengah formasi musush yang diterobosnya adalah Taira no Noritsune, riival seumur hidupnya. Perang Dannoura akan segera mencapai klimaksnya! ...

Perang Dannoura yang menentukan nasib Klan Genji dan Heike akhirnya dimulai. Yoshitsune tak terkalahkan di daratan, namun lawannya adalah Taira no Tomomori, komandan hebat Klan Heike yang terkenal sebagai “pakar perang laut”. Lalu, siapakah yang akan memenangkan perang tersebut?! ...

Pasukan Yoshitsune yang bersedih karena kehilangan Satou Tsugunobu, sang pelayan “Jin, mendadak mendapat laporan bahwa 3.000 tentara berkuda Iyo akan kembali untuk menghancurkan Pasukan Yoshitsune! Isesaburo Yoshimori pun tampil di saat paling kritis dalam Perang Yashima!! ...

Pasukan Yoshitsune, yang berlayar menempuh laut berbadai, mendarat di Katsuura, Shikoku Awa, untuk menaklukkan Heike. Pasukan Yoshitsune hanya beranggotakan 108 tentara berkuda, sementara Pasukan Heike berjumlah seribu tentara berkuda! Taktik apakah yang dilancarkan oleh Yoshitsune…?! ...

Yoshitsune mendapatkan jabatan "Kebi Ishi" dari Houou Go Shirakawa, namun Yoritomo tidak menyukai hal itu sehingga Yoshitsune dikeluarkan dari pasukan penakluk Heike. Akan tetapi, akhirnya tibalah waktunya bagi Yoshitsune untuk berangkat perang demi membantu pasukan Noriyori yang kewalahan dalam perang. Perang Yashima sebagai perang terakhir akan dimulai!! ...

Yoshitsune mendengar Yoritomo telah menurunkan perintah untuk membunuh Yoshitaka, putra mendiang Minamoto no Yoshinaka. Yoshitsune, yang telah diserahi kepercayaan untuk melindungi Yoshitaka, berniat untuk meloloskan bocah itu dari Kamakura. Namun, itu berarti mengancam hubungan persaudaraan antara Yoritomo dan Yoshitsune. Awan gelap pun segera tiba!! ...

Melihat Genji unggul dalam Perang Yashima, pihak Heike pun mencoba mengandalkan kekuatan dewa. Sementara itu, duel tenaga antara Benkei dan Kagekiyo terus berlanjut. Siapakah yang akan jadi pemenangnya? ...

Berkat serangan mendadak Yoshitsune, situasi Perang Ichinotani berubah drastis. Shioya yang menjadi pintu belakang Benteng Ichinotani berhasil ditaklukkan hingga membuat pasukan Heike lari tunggang-langgang. Perang Ichinotani yang terkenal dalam sejarah kini telah berakhir!! ...

Yoshitsune melawan pasukan Kiso sebagai Komandan Tertinggi Pasukan Bayangan dan memenangkan "Perang Sungai Uji. Namun tak lama setelah kembali ke Ibukota, dia harus erangkat ke perang dan mengalahkan Heike. Yoshitsune pun bergerak menuju perang terakhir bersama para pelayan terkuat! ...

Yoritomo bangkit melawan Yoshinaka yang telah mengancam Tuan Houou dengan memintanya membuat perintah untuk menumpas Yoritomo. Saat berperang di tepi Sungai Rokujou, Yoshinaka menantang Komandan Tertinggi Pasukan Bayangan Yoshitsune duel satu lawan satu!! ...