Ganta dan Shiro akhirnya saling berhadapan di dalam Deadman Wonderland yang mengalami kehancuran. Shiro menceritakan masa lalunya dan meminta Ganta untuk membunuhnya. Meski sudah mendengar alasan Shiro, Ganta tetap sulit untuk memastikan perasaannya. Pertarungan penentuan pun dimulai!  ...

"Ganta yang kembali untuk menghadapi Toto Sakigami sukses mendaratkan satu serangan dan menyelamatkan Senji. Tapi, kekuatan dahsyat Toto membuatnya merasa tak berdaya. Meski terdesak, Ganta berhasil bangkit dan menyarankan satu serangan pembalik keadaan berkat kombinasi cerdasnya dengan Senji. Senji pun mengerahkan serangan dan mencabik-cabik Toto bersama bangunan DW. Toto akhirnya tewas di bawah reruntuhan. Tapi, benarkah demikian!?" ...

Untuk mendapatkan chorus box yang jadi kunci dalam membongkar rahasia Wretched Egg, Ganta dan Senji menjelajahi bagian terdalam DW. Namun, Toto Sakigami muncul di hadapan mereka. Demi melindungi Senji, Ganta akhirnya menyerahkan diri dan ditangkap. Sementara itu, Makina berhasil memperoleh buku harian Sorae, ibu Ganta. Dalam buku itu tertulis masa lalu yang mengejutkan tentang Shiro dan Ganta! Rahasia, Perlindungan, Perjuangan ...

Para penghuni Blok G berhasil mengalahkan Unit Satu, kelompok petarung terkuat Peniru. Tapi, mereka terluka parah karena pertarungan sengit itu. Di lain pihak, Ganta yang mengerahkan kekuatan terbesarnya bekerja sama dengan Makina dan menuju lantai teratas Deadman Wonderland untuk menyudutkan dan menghentikan Promotor Tamaki. Namun, yang menanti mereka di sana hanyalah keputusasaan yang lebih dalam... ...

Demi membebaskan Para Peniru, Ganta bekerja sama dengan Kepala Sipir Makina untuk mengejar dan merebut tombol pengendali dari Promotor Tamaki. Tapi, Unit Satu, kelompok petarung terkuat Peniru, menghadang mereka! Beruntung para penghuni Blok G yang sempat memusuhi Ganta datang membantu. Sambil menanggung traumanya masing-masing, pertarungan Deadman vs Unit Satu pun dimulai... ...

Walau kehilangan Ketua Nagi, Scar Chain berhasil mengalahkan Pasukan Anti-Deadman Undertaker dan sukses kabur. Tapi, Ganta memilih untuk tetap tinggal di Deadman Wonderland bersama Shiro. Sementara itu, Promotor Tamaki yang mengatur siasat rahasia untuk menguasai penjara mulai menjalankan rencana berikutnya. Dia menciptakan "Peniru", deadman buatan manusia yang terlarang...   ...

Rencana pemberontakan Scar Chain hancur dan Ketua Nagi ditangkap Undertaker. Ganta yang frustasi karena tidak berkutik menghadapi Undertaker pun mulai menjalani latihan di bawah bimbingan Senji. Sementara itu, Shiro yang sakit hari karena kesalahpahaman Ganta bertemu pemuda misterius bernama Toto Sakagami. Di tengah semua kekacauan, pertempuran terakhir Scar Chain melawan Undertaker pun dimulai! ...

Ganta diajak bergabung dalam Scar Chain, grup anti-organisasi yang merencanakan penjebolan Penjara Massal Deadman. Berkat kata-kata Ketua Nagi yang mengharukan dan penuh inspirasi, Ganta pun memutuskan untuk berpartisipasi. Tapi, salah satu anggota berkhianat dan membeberkan rencana tersebut pada Undertaker, pasukan anti-deadman! Bagaimanakah nasib Ganta serta Scar Chain!? ...

Ganta dipaksa ikut serta dalam Carnival Corpse, pertarungan sesama pemilik ranting dosa. Setelah mengalahkan Senji (Crow), lawan berikutnya ternyata Minatsuki (Hummingbird). Bagaimanakah cara Ganta melawan gadis yang cantik dan pemalu itu? Sementara itu, laki-laki merah bertarung melawan direktur di ruang rahasia DW! Siapa sebenarnya orang yang menularkan ranting dosa pada Ganta dan membantai teman-temannya itu!? ...

10 tahun setelah gempa besar Tokyo... Ganta Igarashi, salah satu korban yang selamat, menjalani hari-hari yang penuh kedamaian sebagai siswa SMP bersama teman-teman sekelasnya. Tapi, kemunculan laki-laki merah di sekolahnya mengacaukan hidup Ganta! Gawatnya Ganta yang tak bersalah malah dituduh sebagai pembunuh, divonis hukuman mati, dan akhirnya dikirim ke penjara swasta Deadman Wonderland yang penuh misteri... ...