Kindaichi datang lagi ke gedung opera Penginapan tempat terjadinya dua kasus pembunuhan beruntun yang mengerikan. Akan tetapi, pada kunjungannya yang ketiga ini, terjadi lagi kasus pembunuhan misterius yang dilakukan oleh tokoh phantom dalam kisah Phantom of the Opera!! Apalagi inspektur kenmochi yang selama ini diandalkan menghilang entah ke mana. ...

Mimpi buruk terjadi lagi untuk yang ketiga kalinya di gedung opera yang dibangun di sebuah pulau terpencil di tengah laut!! Pembunuhan anggota kelompok teater di hadapan semua orang. Si pelaku melakukan pembunuhan dengan alibi yang sempurna! Pembunuhan kembali dilakukan di dalam gedung teater yang terkunci rapat di mana tak ada seorang pun yang dapat masuk. Tiga orang telah menjadi korban!! Lalu siapa sebenarnya `phantom` sang iblis pembunuh berdarah dingin yang bersembunyi dalam kegelapan ...

Tim divisi satu yang kedua anggotanya kontras, Kengo Akechi dan Ryutaro Kobayashi, mencoba memecahkan misteri kasus pembunuhan yang dibuat seolah itu kecelakaan! Kasus itu semakin kusut gara-gara kasus setahun lalu yang ditutup-tutupi. Guna menyelidiki kasus itu, Shigefumi Takagi dan Akane Nanjyo masuk sebagai anggota baru di tim mereka. Mampukah mereka bekerja sama melepas benang kusut kasus tersebut? ...

Ada perasaan tulus di balik kasus ini, di mana seorang pemuda jatuh dari atap gedung. Sementara itu, seorang gadis mengaku sebagai pelaku yang membunuhnya. Perasaan mereka berdua lahir di masa lalu dan berakhir dengan tragedi. Ketika kata-kata sang pemuda tersampaikan, kejahatan kasus ini pun terungkap! Di tengah dunia yang diliputi keadilan yang tak lagi lurus, para detektif di kisah ini membuktikan harga diri mereka sebagai pembela keadilan! ...

Apa itu keadilan? Apa itu kejahatan terberat? Adakah hal-hal yang bisa kita percaya sepenuhnya dalam hidup? Akechi yang telah memecahkan beragam kasus dengan mudah, kini terjebak dalam perangkap yang paling berbahaya dan mengakibatkan timbulnya “keretakan” di hatinya yang selama ini penuh keyakinan. Mampukah Akechi dan kawan-kawan mendapatkan kembali keyakinan mereka akan makna keadilan yang sesungguhnya!? ...