"Tsukune dan Moka diculik oleh komplotan pencuri yang menyusup ke Akademi Youkai! Kurumu dan yang lainnya pergi untuk menyelamatkan mereka, namun mereka terdesak oleh kekuatan besar bos dari komplotan pencuri itu!! Di sisi lain, setelah menerima tusukan dari musuh yang menawannya, kekuatan “darah” yang tertidur di tubuh Tsukune kembali bangkit!? " ...

Setelah Akademi Youkai dibangun kembali, Tsukune naik ke kelas dua dan mulai menjalani kehidupan sekolah yang baru bersama Moka sang vampir cantik, Kurumu sang succubus, Mizore sang wanita salju, dan Yukari sang penyihir. Inilah season 2 yang dimulai dengan happy life(?) Tsukune yang dikelilingi para silumab cantik jelita!! ...

Isi amplop yang dittitipkan seseorang padad Kyoto adalah ‘Cermin Lilith’ yang dapat memantulkan wujud asli seseorang. Dengan kemampuan cermin itu, para siluman dipaksa berubah ke wujud mereka yang sebenarnya sehingga terjadi kepanikan di festival sekolah! Saat itu, seseorang yang dikenal baik oleh tsukune, dkk. muncul dihadapan mereka sebagai dalang keributan itu! Seperti apakah pertarungan akhir yang menutup kisah Tsukune, dkk. di Rosario dan Vampire ini? ...

Tsukune memaksakan dirinya untuk menghadapi Hokuto yang ingin menghancurkan hubungan koeksistensi antara siluman dengan manusia. Maka yang telah melepaskan segelnya dengan kekuatannya sendiri juga telah datang, tapi Hokuto yang lari ke Altar Kegelpaan Kekal berhasi melenyapkan The Great Barrier! Bagaimana dengan akhir pertempuran ini!? ...

Sebagai syarat penghapusan pengeluarannya dari sekolah, Tsukune bergabung dengan Komite Pelaksana festival sekolah. di sana tsukune bertemu dengan ketua komite, hokuto kaneshiro, dan terpesona oleh kepribadiannya. tapi, kaki tangan antithesis bahkan telah menyusup ke dalam komite!! ...

Moka menyerang Tsukune karena dikendalikan oleh siluman terbuang, Mako. Karena hal itu, Kurumu dan lainnya merasa tak bisa memercayai Moka sehingga persahabatan mereka mulai retak! Walau mereka mulai terpecah belah, Tsukune memutuskan untuk tetap memercayai Moka! Sementara itu, Direktur Sekolah akhirnya muncul dan berniat mengeluarkan Tsukune!? ...

Tsukune selama ini dapat lari dari bahaya dengan berubah menjadi vampir sementara. Tapi, beban yang ditanggung tubuh Tsukune hampir melewati batas. Dalam keadaan seperti itu, Moka ditangkap oleh siluman terbuang, Mido, untuk memancing Tsukune. Apa yang akan terjadi pada Tsukune!?   ...

Kebencian terhadap manusia membuat ketua penyihir yang dilayani Rubi menyerang Tsukune dan kawan-kawan! Moka yang rosario-nya sudah terlepas, menerima tantangannya. Tapi ketua penyihir itu melepaskan sihir terkuat yang juga membahayakan dirinya! Dengan sihir yang menggunakan energi makhluk hidup yang diisap itu, dia berhasil menangkap Moka!  ...

Liburan musim panas Akademi Youkai yang telah ditunggu-tunggu akhirnya tiba! Untuk mengumpulkan berita, Tsukune bersama dengan anggota klub koran lainnya mengadakan training camp ke dunia manusia!! Tsukune sangat bersemangat karena bisa bersama dengan Moka. Tapi sebaliknya, Yukari tampak cemas. Apa sebenarnya yang dicemaskan Yukari!?  ...

Demi lebih mendekatkan diri dengan Moka, Tsukune tetap bersekolah di SMA Youkai. Hari-hari menyenangkan bersama Moka pun mulai terusik dengan kemunculan penyihir cilik? ...

Secara tak sengaja, Aono Tsukune masuk ke SMA Youkai tempat para siluman bersekolah. Saat Aono ingin kabur, dia merasa sangat senang karena bertemu dengan gadis cantik, Moka. Tapi, wujud asli gadis itu adalah vampir kalau kalung salib-nya dilepas! ...