Segala urusan di Kota Tomoeda selesai. Eriol kembali ke Inggris. Ia meminta Sakura untuk memikirkan perasaannya ketika mereka akan berpisah. Setelah berbicara dengan Tomoyo, Chiharu, dan Rika, akhirnya Sakura mengerti perasaannya sendiri. Tetapi, terlambat. Saat itu Syaoran sudah memutuskan untuk kembali ke Hongkong... ...

Karena menyerahkan energi untuk menyelamatkan Yue, Touya menjadi sedikit lemah dan kehilangan magisnya. Saat bazar sekolah, Sakura mengungkapkan perasaanya pada Yukito, tapi tiba-tiba tanda-tanda Clow terasa begitu kuat. Sakira pun berada di suatu ruang, di hadapan Clow Reed. ...

Semua kartu sudah terkumpul, tetapi muncul kekuatan sihir baru yang tidak bisa dikendalikan oleh energi dari clowcard. Cuaca di kota Tomoeda menjadi aneh dan Sakura bermimpi tentang seseorang misterius yang akan merepotkannya. Siapakah dia? ...

Sakura harus berhadapan dengan Yue, sang penentu, untuk mengukuhkannya sebagai pemilik clowcard. Tak seorang pun boleh membantunya, termasuk Kero. Pada saat terjepit, ternyata kartu yang selama ini berhasil dikumpulkannya melindungi Sakura, dan memberinya kekuatan... ...

Seorang penyihir bernama Clow Reed membuat kartu-kartu berkekuatan magis, clowcard. Masing-masing kartu memiliki nama, sosok, dan kekuatan yang dahsyat. Mereka mampu berbuat sesuka hati nya. Untuk mencegah keributan, kartu-kartu itu disimpan di dalam buku segel. Tetapi karena kelengahan penjaganya, mereka berhasil melepaskan diri. Sakura, seorang gadis kecil kelas 4 SD bisa membuka segel buku itu. Sejak saat itu ia mengemban tugas untuk mengumpulkan clowcard yang tercecer, didampingi makhluk ...

"Botol" Kobato mulai terisi sedikit demi sedikit. Selain itu, kali ini Kobato dan Ioryogi-san mulai mengetahui masalah hutang di TK Yomogi. Kobato ingin sekali membantu mengatasi permasalahn ini. Tapi, apa Kobato mampu? ...

Akhirnya pertempuran di negeri Clow dimulai! Duplikat Syaoran yang menyelamatkan mereka dari Fei Wang, menghilang. Mereka bisa membalas kecurangan Fei Wang setelah bertempur sekuat tenaga! Lalu, akhirnya saat itu datang. "makhluk yang sudah mati tak bisa dihidupkan kembali". Hukum dunia yang tak bisa dilanggar itu dilawan oleh Fei Wang. ...

Asal usul Ioryogi-san sedikit mulai terkuak. Lalu, batas Kobato harus memenuhi botol, ternyata sudah tidak lama lagi. Selain itu, Kobato memiliki keresahan yang mengganggunya. Bagaimana Kobato dan Ioryogi-san menyikapi permasalahan-permasalahan itu? ...

Apa yang akan syaoran lakukan di depan musuh lama saat mereka bertemu kembali!? Fai telah menyelesaikan masa lalunya di Negeri Celes. Mereka tiba di Negeri Jepang ambil menghindari jebakan Fei Wang dan mengganti tangan Kurogane dengan tangan palsu. Setelah melewati kemelut, ikatan mereka semakin bertambah kuat! Tetapi, di dalam semerbak cahaya. Lelaki itu muncul! ...

Kobato akhirnya memutuskan keinginannya dan memakai isi “Botol” untuk mengabulkannya. Tapi, jika Kobato melakukan itu, Kobato akan kehilangan nyawanya dan Ioryogi pun akan tetap pada sosoknya sebagai boneka! Lalu, apakah yang akan terjadi selanjutnya? Cari tahu jawabannya di akhir kisah Kobato ini! ...

Akhirnya mereka tahu tragedi "pembalikkan" waktu yang diceritakan Syoran! Penyimpangan yang terjadi karena kejadian itu sudah membuat Syaoran menderita, tapi demi menyelamatkan Sakura dari tangan Fei Wang, akhirnya diputuskan untuk melanjutkan waktu yang terhenti saat itu. Lalu, saat itu juga, seorang pemuda yang ada di tempat terpisah juga membuat keputusan. Semuanya demi tangan yang tak tergapai saat itu! Pertempuran di Negeri Clow yang telah ditakdirkan, akhirnya ...

Kobato baru tahu kalau cinta bisa berubah jadi benci. Dan benci pun bisa berubah jadi cinta. Kobato yang tadinya membenci Fujimoto, akhirnya berubah perasaannya menjadi suka. Kobato gundah dengan perasaan ini. Apakah perasaan ini akan mengganggu rencana awalnya? ...

Setelah pertempuran kedua orang Syaoran, Sakura menghilang. Dan setelahnya, penyihir dimensi menjelaskan kenyataan tentang "duplikat" dari Sakura dan Syaoran yang seorang lagi! Tapi, demi menyelamatkan Sakura, mereka memutuskan untuk melanjutkan perjalanan tanpa ragu ke tempat semuanya berawal dimana Fei wang menunggu. ...

Pertarungan hidup dan mati kedua Syaoran! Di Negeri Jepang, demi bulu sayap Sakura, Syaoran bertempur dengan Seishiro, dan ditengah-tengah pertempuran berpindah ke "Negeri Mimpi". Tapi, di saat bertemu kembali dengan sakura, yang menunggu syaoran di sana adalah Syaoran yang lain! ...

Mereka tiba di negeri Clow untuk menyelamatkan Sakura! Untuk menghindari jebakan licik Fei Wang, mereka menuju reruntuhan tempat dimana Sakura diserang saat itu. Tapi, saat itu, Syaoran akhirnya menceritakan kebenaran dibalik "waktu yang berputarbalik". Rahasia yang terpendam dibalik reruntuhan Tsubasa akhirnya mulai terkuak...!! ...