Sei Mahakam menjadi sungai terbesar yang membelah Provinsi Kalimantan Timur dengan bermuara di Selat Makassar. Sungai ini menjadi penopang kehidupan masyarakat di desa-desa kecil yang berada di hulu sampai hilir sepanjang anak sungai. Pesut Mahakam (Orcaella brevirostris) disebut juga dengan lumba-lumba air tawar Spesies endemik Kalimantan Timur yang mendiami Sungai Mahakam, sering disebut sebagai Irrawaddy Dolphin, mamalia yang hidupnya di ekosistem perairan tawar menjadi penghuni sungai dengan luas sekitar 149.277 km2 ini. Mamalia yang statusnya telah masuk dalam daftar merah IUCN ini termasuk dalam kategori hampir terancam karena populasinya cenderung mengalami penurunan.Mahakam yang bermuara ke Selat Makassar menjadi kawasan yang kaya akan sumber daya alam lautnya, yang merupakan Segitiga Terumbu Karang Dunia (Coral Triangle) di mana terdapat lebih dari 2.000 jenis ikan karang dan 600 spesies karang. Salah satunya Kepulauan Derawan merupakan salah satu Multi Countries Fedding Ground terpenting di dunia. Alam bawah laut Kalimantan Timur bisa bersaing dengan Raja Ampat maupun Bunaken. Kabupaten Berau misalnya, memiliki 39 gugusan pulau-pulau kecil serta beberapa gosong dan atol dengan ekosistem terumbu karang, padang lamun, dan hutan mangrove. Beberapa spesies yang dilindungi dapat ditemukan seperti penyu, paus, lumba-lumba, duyung, ubur-ubur, pari manta, ubur-ubur endemik, pigmi seahorses, berbagai spesies dekapoda, dan beberapa spesies nudibranch. Perairan Berau dikenal sebagai wilayah yang memiliki habitat penyu hijau untuk bertelur dan mencari makan di Kawasan Asia Tenggara.