Di tengah-tengah interogasi, Maya Orihara mengajukan tawaran negosiasi dengan Fujimaru. Untuk menyelamatkan nyawa banyak orang, Fujimaru pun menurut. Berempat dengan Hosho dan Kano, mereka membawa Maya ke tempat yang ditunjukkannya. Dalam perjalanan, Fujimaru akhirnya mendapat petunjuk mengenai mata-mata musuh dalam THIRD-i! Mampukah dia membedakan kawan dan lawan!? ...

Setelah Alexei Hino alias Arthur bebas, Magic Bullet Shooter memulai pencarian Kaisar Ketiga, yang bahkan tidak diketahui keberadaannya oleh Arthur. Tak disangka, kunci untuk menemukan Kaisar Ketiga adalah orang yang ada hubungannya dengan Fujimaru! Sementara itu, saat sedang meng-hack sistem perusahaan gas untuk mengetahui rencana lawan, Fujimaru tertangkap oleh Peter Pan, hacker hebat yang delapan tahun lalu pun berkemampuan setara dengannya. Lokasi mereka pun diketahui dan para ...

Fujimaru yang menyadari rencana Magic Bullet Shooter untuk membajak reaktor nuklir Mirai menyusup ke ruang server Mirai bersama Hibiki dan berhasil menguasai kembali sistem. Tapi, dia kini dikelilingi oleh teroris. Belum lagi "serangan" Peterpan yang kemudian mengetahui operasi Haruka, adiknya! Sementara itu, cinta bersemi di antara Fujimaru dan Hibiki... ...

Fujimaru cs berhasil menghentikan pembajakan reaktor nuklir di saat-saat terakhir. Namun, mereka gagal menangkap otak utama kawanan teroris. Sementara itu, Alexei Hino teroris tewas akibat pengkhianatan Peter Pan. Apa yang menjadi tujuan Peter Pan sang hacker keji itu!? Apa ada hubungannya dengan pertemuan tingkat tinggi antara Jepang dan Amerika!? ...

Dengan kecerdikannya, Fujimaru untuk sementara berhasil menunda lawan mengungkap identitas dirinya. Tapi, di lain pihak, Alexei mengetahui kalau Ryunosuke Takagi, ayah Fujimaru, adalah mata-mata! Apa yang akan dilakukannya terhadap Ryunosuke!? Sementara itu, "Kaisar Ketiga" siap membumihanguskan Tokyo hanya dalam hitungan kurang dari dua jam... ...

Akibat pendarahan yang dialaminya, Ryunosuke Takagi akhirnya tewas. Tapi, Fujimaru tidak gentar untuk terus berusaha menghentikan langkah teroris. Lewat pemancar yang ditinggalkan sang ayah, mereka bisa mengetahui posisi lawan yang ternyata punya rencana lebih gawat, yaitu meledakkan reaktor nuklir! Fujimaru pun pergi ke lokasi untuk menggagalkan rencana teroris, tapi dalam usaha tersebut, Hibiki yang berada bersamanya tertembak... ...

Belum pulih dari shock-nya setelah mendapati bahwa anggota keluarganya, Mauro, adalah anggota kelompok teroris, Hide harus menghadapi satu kenyataan pahit lagi. Ternyata dia terinfeksi virus BLOODY-X! Keadaan bertambah rumit karena Haruka dan kakek Otoya yang merupakan Menteri Hukum bertemu dengan Hide saat gejala virusnya muncul. Apa mereka semua akan selamat dari virus mematikan tersebut!? ...

Outbreak BLOODY-X yang terjadi di Penjara Khusus Kanto ternyata adalah trik Fujimaru dan kawan-kawan! Setelah membiarkan para teroris membebaskan pimpinan mereka, Shimon Kamishima, Fujimaru berusaha bertransaksi dengan J demi mendapatkan antivirus untuk Mako. Namun, J meminta suatu syarat, dengan imbalan informasi penting mengenai arti BLOODY MONDAY yang sebenarnya ...

Shimon Kamishima telah tewas. J kabur atas bantuan Fujimaru. Sepintas kelihatannya rencana kelompok teroris telah gagal... namun, dengan petunjuk J, Fujimaru berhasil mengetahui makna Bloody Monday yang sebenarnya. Yang masih belum dia ketahui adalah masih adanya penyusup, yaitu K, di antara mereka... ...

Dua tahun setelah Fujimaru Takagi menghentikan Bloody Monday, bantuannya kembali diperlukan untuk meng-hack sebuah pesawat yang akan menghantam Gedung Parlemen Tokyo! Tapi, Fujimaru menolaknya, "Aku bukan hacker lagi" Apa yang membuat Fujimaru berkata begitu? Sementara itu, sebuah organisasi teroris sedang menyusun rencana penghancuran dengan kata kunci 'Kaisar Ketiga'... ...

Hosho menembak Otoya dan menyandera Haruka! Untuk menyelamatkan sang adik, Fujimaru meminta Maya mempertemukannya dengan petinggi mereka. Tapi, yang muncul di hadapan Fujimaru malah seorang remaja seusianya... Apa Fujimaru berhasil membebaskan Haruka dan menghentikan rencana para teroris itu!? ...