Setelah membebaskan Ako cs, Negi dan teman-temannya pun mulai merancang rencana pulang ke dunia nyata. Sementara itu, di pusat kota, Negi, Asuna, dan Nodoka berpapasan dengan Yue! Walaupun terkejut melihat Yue tidak mengingat apa pun, Negi berhasil membuktikan bahwa dia memang magister dari Yue. Tapi, tiba-tiba muncul Gubernur Jenderal Ostia, Kurt Godel, yang mengaku mengetahui rahasia yang menyelimuti kehidupan Negi...