Negi, dkk akhirnya berpencar sesuai rencana, namun akibat satu serangan Dynamis, Negi terjatuh dalam erosi kegelapan dan mengamuk! Para anggota kelas 3A Perguruan Mahora terpaksa bergerak sendiri untuk menyelesaikan misi mereka. Tapi, ketika mereka hampir berhasil membawa Asuna dan merebut Great Grandmaster Key, muncul tiga orang yang sangat mirip dengan Fate...