Hajime Kindaichi terkenal sebagai murid SMA paling malas di sekolah. Nilai-nilainya selalu merah dan sering bolos. Tapi di balik sikap cueknya, dia seorang pemuda yang cerdas. Analisis terhadap masalah yang dihadapinya selalu akurat. Pada saat ikut rombongan klub teater sekolahnya latihan khusus di sebuah pulau, terjadi pembunuhan berantai yang meniru cerita “Phantom of the Opera”. Kejelian Kindaichi membantunya menemukan siapa sebenarnya sang Phantom yang meneror mereka.