Sebulan menjelang perayaan ulang tahun, SMA Fudo mendapat surat ancaman misterius. Pengirimnya Penyihir Sepulang Sekolah. Akibat surat ancaman itu, kabar angin Tujuh Keanehan di gedung kayu lama yang rencananya akan dipugar itu kembali santer. Diajak Ruiko Sakuragi, ketua klub peneliti misteri, Hajime Kindaichi mulai menyelidiki Penyihir Sepulang Sekolah dan Tujuh Keanehan. Malam itu, Hajime dipanggil ke sekolah oleh Sakuragi dan menyaksikan sosok misterius dan boneka yang digantung dalam ruang biologi yang tertutup.