Masaru memutuskan tinggal di Desa Kuroga untuk berlatih mengendalikan boneka. Dia bersekutu dengan anak bungsu Keluarga Ashihana tempatnya menumpang tinggal, Heima, untuk ikut serta dalam pertandingan sumo boneka di malam tahun baru. Mereka bertekad untuk menjuarai pertandingan tersebut demi kakak Heima, Yuri. Tapi, ternyata Faceless juga mulai bergerak kembali… ...

Masaru berpisah dari Shirogane untuk berlatih menghadapi Faceless. Perpisahan mereka menyebabkan Shirogane merasakan munculnya lubang besar di hatinya. Dalam situasi itu, Narumi tiba-tiba muncul kembali. Namun, Narumi yang kehilangan ingatannya menyerang Shirogane yang disangkanya Boneka Francine asli!! Perpisahan yang menyedihkan dan pertemuan kembali yang menyakitkan... ...

Eleonore berhasil diselamatkan, namun demi kebahagiaannya, Guy dan Shoji memutuskan untuk menyembunyikan keberadaannya. Dia dibesarkan sebagai “Shirogane”, namun Shoji tidak boleh menemuinya sekali pun. Tapi, kejanggalan timbul ketika Shoji bertemu dengannya setelah 50 tahun berpisah. Eleonore memanggilnya “Kakek Shoji”. Jangan-jangan, ada orang lain ynag menyamar menjadi Shoji dan berkenalan dengannya!? Sebuah bayangan misterius mendekat. Sebuah rencana jahat akan terungkap!! ...

Eleonore berhasil diselamatkan, namun demi kebahagiannnya, Guy dan Shoji memutuskan untuk menyembunyikan keberadaanya. Dia dibesarkan sebagai “Shirogane”, namun Shoji tidak boleh menemuinya sekali pun. Tapi, kejanggalan timbul ketika Shoji bertemu dengannya setelah 50 tahun berpisah. Eleonore memanggilnya “Kakek Shoji”. Jangan-jangan, ada orang lain yangmenyamar menjadi Shoji dan berkenalan dengannya!? Sebuah bayangan misterius mendekat. Sebuah rencana jahat aka terungkap!! ...

Benang takdir terjalin di Desa Kuroga 90 tahun lalu. Guy, seorang pemuda yang punya dendam pada ibunya, mencari Angelina yang sedang emngandung. Sementara itu, Shoji bertemu Boneka Francine... Dengan gabungan kekuatan mereka, sebuah nyawa yang akan melahirkan cinta dan mengubah hidup orang-orang terlahir ke dunia ini. “Eleonore”... Namun di tengah kebahagiaan itu, bayangan jahat menyusup mendekati mereka. Sang ibu dan anaknya pun harus terpisah. Yang dipercaya melindungi nyawa kecil itu ...

Di tengah membaranya api yang melahap distrik lampu merah Maruyama, Angelina mengambil sebuah keputusan. Dia membeberkan rahasianya dan melindungi Shojiro. "Aku tidak ingin kau mati!" Sementara itu, perjalanan kenangan Masaru hampir mencapai puncaknya. Dia akan segera mengetahui siapa dirinya sebenarnya, apa boneka itu sebenarnya, dan identitas laki-laki misterius itu. Semuanya akan terungkap dalam perjalanannya melihat seluruh Jepang di Periode Meiji! ...

"Masaru diserang oleh para pengendali boneka dari Desa Kuroga yang memiliki dendam pada Sadayoshi dan mengira kalau ingatan Sadayoshi telah diunduh ke diri Masaru! Masaru kemudian dipaksa untuk mengarungi ingatan Shoji, sang kakek! Apakah perjalanan itu akan membantunya mengungkap semua misteri yang ada?" ...

"Boneka Francine ini palsu!". Lalu, untuk apa perjuangan panjang para Shirogane jika ternyata yang mereka kejar selama ini hanyalah boneka palsu!? Di tengah-tengah kehancuran yang terjadi di gurun pasir, Narumi meneriakkan rasa frustasinya. Sementara itu, jauh di Jepang, Masaru mulai bergerak. Dia bertekad menyingkap rahasianya sendiri demi mengetahui kebenaran masa lalunya! ...

Satu per satu Shirogane tumbang di tangan Le Cattle Pioneere. Harapan mereka tertumpu pada satu orang. Narumi bangkit kembali sebagai seorang petarung yang mengemban harapan, amarah, dan kesedihan mereka!! Kemudian, Narumi bergerak menuju sasarannya yang duduk di kursi raja, yaitu... boneka Francine!! ...

Demi mengetahui siapa dirinya yang sesungguhnya, Gekko pergi ke dunia Arabian Night. Di sana, dia dikalahkan oleh tokoh moonstruck yang sangat kuat, membuatnya mulai melakukan latihan untuk mendapatkan kekuatan yang lebih besar lagi. Di lain pihak, teman-temannya yang tertangkap, mendengarkan cerita tentang Tyltyl dari dongeng Burung Biru, yang ternyata adalah tokoh di balik semua kekacauan ini. Ada hubungan antara cerita Tyltyl dengan masa lalu Gekko? ...

Pertarungan antara Shirogane dengan Four Pioneer sudah dimulai!! Hati semua shirogane bersatu karena keberadaan Narumi yang menyentuh hati mereka! Lalu, tiba saatnya Lucille, Shirogane tertua, beraksi? ...

Pertempuran antara Narumi dan para Shirogane melawan para automata di markas mereka "Sirkus Tengah Malam" semakin berdarah-darah! Mereka semakin dekat dengan ruangan boneka Francine menunggu! Apakah mereka bisa menghentikan konflik yang berlangsung lebih dari ratusan tahun!? ...

Cinderella dan kerudung merah datang membantu gekko untuk melawan momotaro. Di saat situasi sudah hampir berbalik, tiba-tiba momotaro mengeluarkan senjata andalannya!! Apakah gekko, dkk, akhirnya berhasil mengalahkan momotaro? ...

Idea yang berhasil mendapatkan Hachikazuki, menjalankan rencana selanjutnya, yaitu membuat Momotaro datang menemuinya. Tapi ternyata, walau sudah dibantu oleh Hachikazuki, sang Donshu legendaris, tetap saja Idea tidak bisa mengatasi pertarungan 1 lawan 3. Apakah Gekko, yang sedang ditahan Tsukuyomi, mau membantu Idea? ...

Narumi, dkk. berhasil menemukan suhu Liang dan kisah cinta tragis antara bai in, si ahli alkimia, dan francine, sang wanita bangsawan, akhirnya terkuak. Saat misteri terbesar terbuka di depan narumi, kawanan automata yang dipimpin Pantalone datang menyerang! Sementara itu, Guy yang diselamatkan anggota Sirkus Nakamachi ternyata memiliki hubungan dengan Shirogane!? ...