Musuh alamiah Bangsa Keron yang selama ini selalu mengganggu invasi pleton Keroro, Viper, akhirnya kembali ke planetnya. Meski harusnya lega, entah kenapa Sersan Keroro malah justru merasa sedih. Tetapi, mendadak muncul seorang gadis pokopen pewaris kehendak Viper yang jadi musuh baru pleton Sersan, alias Viper Momi! Simak keseruan usaha invasi pleton Keroro yang penuh halangan dan rintangan ini!! ...

New Keroro yang merupakan pleton Keroro 2 dari pasukan induk Keron, serta "Black Star" yang lebih berbahaya lagi pun sudah tiba di bumi. Garis pertempuran invasi bumi semakin meluas! Nah, apa yang akan dilakukan Keroro dan kawan-kawan, ya!? ...

Karena kebaikan hati atau tepatnya karena minat Fuyuki, putra sulung keluarga Hinata, sersan Keroro diizinkan menumpang di rumah keluarga Hinata, bersama dengan 4 orang (ekor?) anak buahnya yang terkumpul, bahkan sampai detik ini pun kadang-kadang mereka masih merencanakan strategi invasi pokopen. Sementara itu, 'Keroro', satu-satunya bangsa Keron 'Pleton Keroro 2' dari pasukan induk, tiba-tiba datang ke rumah keluarga Hinata. Entah bagaimana jadinya nasib bumi nanti? ...

Berkat latihan kerasnya, Keroro berhasil menciptakan jurus maut "Servis Area Dangozaka" sebagai buah latihan kerasnya! Ekspansi ke seluruh dunia akan segera terwujud! Strategi invasi Pokopen yang konyol-konyol pun kembali dimulai hari ini!! ...

Pleton Keroro yang tiba di Kyoto dengan ikut menumpang acara studi tur berhasil menyelematkan Natsumi yang diculik Tairen, mantan sekelompok ninja yang telah melepaskan diri dari Agen Ninja. Apakah ini akan menjadi tantangan berikutnya bagi Keroro yang sudah kembali ke keluarga Hinata dengan damai!? ...

Melihat Natsumi yang cukup tangguh, setidaknya menurut Sersan Keroro, tumbang karena seekor siput, Sersan Keroro segera mengatur strategi penaklukan Pokopen dengan memanfaatkan siput. Jadilah Wetter-man! Setangguh apakah, makhluk satu ini ... ...

Masih ingat Sersan Keroro dan misinya menaklukkan Pokopen? Pleton Keroro punya anggota lima, mereka semua punya cirri khas yang unik. Bagaimana kalau kelimanya dikerahkan? Akankah misi mereka berhasil? ...

Hasil analisa komandan baru pleton Keroro menyimpulkan, Natsumi adalah penghambat kemajuan penaklukan Pokopen! Natsumi ditangkap! Tapi? apa yang mereka lakukan pada Natsumi yang manis itu, ya? ...