Bakura membunuh Pendeta Mahaad dan merebut Millennium Ring, lalu menyusup lagi ke istana!! Seorang Pendeta lagi-lagi menjadi mangsanya. Bakura bertekad merebut seluruh Millennium Item yang ada. Saat Bakura dipukul mundur, muncul Zork Necrophades yang punya kekuatan “membalik waktu”. Waktu yang berbalik membuat Yugi dan Pharaoh terpisah lagi, bahkan Millennium Puzzle pun direbut Bakura! Dan Pharaoh jatuh ke dalam jurang! Bagaimana nasib Millennium Item? Apa yang terjadi pada Pharaoh, Yugi, ...

"Setelah babak semifinal berakhir, battleship pun bergeraj menuju tempat duel ketiga, yaitu plau buatan Kaiba Corp. Di perjalanan, terjadi duel kegelapan antara Ryo dan Malik dengan mempertaruhkan anggota tubuh dan kematian salah satu dari mereka!! Di pulau buatan, untuk menentukan lawan dalam babak semifinal, ke-4 duelist harus saling mengalahkan dalam battle royale! Akhirnya, Malik dan Jounouchi saling berhadapan dalam duel takdir di semifinal!! Demi menyelamatkan Mai dan memenuhi ...

"Akhirnya Battle City dimulai! Namun, Rare Card Jounoucho dirampas oleh organisasi kegelapan Ghouls pada malam menjelang pertandingan dimulai. Yugi pun mencari dan menantang para Rare Hunter demi mendapatkan kembali kartu Red Eyes Black Dragon yang menghadapi kembali kartu Red Eyes Black Dragon yang sangat berharga bagi Jounouchi. Masalahnya, dia harus menghadapi deck Exodia! Setelah itu, Yugi pun harus mengahadapi Penyihir Pandora, dengan mempertaruhkan gelar Master of Magician. Tapi, ...

Pertandingan babak final Battle City segera dimulai! Delapan peserta berkumpul di tempat yang hanya diketahui oleh para peserta yang lolos babak penyisihan! Di antara mereka, hadir Malik yang menyembunyikan identitasnya, serta Ryo yang memiliki kehendak kegelapan! Dalam pertandingan pertama, Yugi harus menghadapi occilt deck milik Ryo. Sementara Jounouchi harus menunjukkan tekadnya di depan Shizuka, dengan menantang Rishid yang mengaku sebagai Malik! Bagaimana startegi Yugi dan Jounouchi ...

"Yugi dan Kaiba harus mengahdapai lawan tangguh, sepasang ghouls menggunakan mask deck yang kejam dan penuh mustahil! Saat tak mau bekerja sama sebagai teamwork. Kaiba harus mengalamai pelajaran yang berharga dan nyaris kehilangan nyawanya. Sementara itu, Jounouchi dan Anzu jatuh ke dalam pengaruh hipnotis milleniu rod milik Malik. Unutk menyelamatkan para sahabatnya, satu-satunya jalan bagi Yugi adalah melakukan death match maut yang diatur Malik. Tapi, taruhannya besar, salah satu dari ...

Yuma, Kite, dan Ryoga berkumpul di dunia lain dan bertarung dengan Yagumo. Di tengah pertempuran, E'rah sang dewa keputusaasaan turut campur. Kite dan Ryoga terdesak oleh kekuatan E'rah yang sangat besar. Apakah Yuma punya kesempatan untuk menang!? Pertarungan terakhir Yuma pun dimulai!! ...

"Akhirnya Battle City dimulai! Namun, Rare Card Jounouchi dirampas oleh organisasi kegelapan Ghouls pada malam menjelang pertandingan dimulai. Yugi pun mencari dan menantang para Rare Hunter demi mendapatkan kembali kartu Red Eyes Black Dragon yang sangat berharga bagi Jounouchi. Masalahnya, dia harus menghadapi deck Exodia! Setelah itu, Yugi pun harus menghadapi Penyihir Pandora, dengan mempertaruhkan gelar dari itu, karena yang kalah pun berarti akan mati!!" ...

Duel pertukaran antara pelajar Jepang dan Amerika semakin sengit!! Judai menerima tantangan Fubuki tapi di tengah situasi kritis, dia merasakan efek Duel Kegelapan yang sangat menyakitkan!! Apakah tujuan sesosok pria yang jadi pengendali kegelapan!? Lalu, Judai pun menuju Final Duel yang membara!! Inilah volume terakhir yang mendebarkan!! ...

Duel Yagumo dan Ryoga membuka pintu ke dunia lain. Yuma dan kawan-kawan yang ikut terhisap akhirnya mengetahui rencana Yagumo yang hendak menghancurkan bumi dan dunia Astral di dalam black hole yang ada di sana. Untuk menghentikan Yagumo, Yuma, Kite, dan Ryoga akhirnya bersatu menantangnya!? ...

"Empat duelist datang dari Amerika! Fubuki terlihat santai saat menghadapi Crocodile yang menantangnya duel!? Di tengah bayangan hitam misterius yang mengincar kartu roh milik Judai dan Manjome yang bergerak di belakang layar, Tag Duel antara pelajar pertukaran pun dimulai!!" ...

Duel pertama dengan Deck baru, M-Hero! Judai melawan Ed dengan baik dan berhasil mendesaknya hingga kemenangan terpampang di depan matanya. Tapi, di akhir, dia terpaksa berhadapan dengan kecemerlangan seorang pro!? Lalu, untuk membuat perhitungan dengan takdir semasa junior, Ed menantang duel Fubuki!? ...

Terra Firma, kartu satu-satunya di dunia yang dimiliki Koyo, pemenang kejuaraan dunia tiga kali berturut-turut. Sekarang kartu itu dimiliki Judai. Rahasia kartu itu dan bagaimana sang juara dunia, Koyo, bisa menyerahkannya ke tangan Judai akan terungkap sekarang!! ...

Yuma terpaksa berduel di stadium karena muslihat Yagumo. Lawannya adalah Kite yang diancam Yagumo dengan meyandera adiknya, Haruto. Keduanya harus berhadapan sebagai musuh. Di sisi lain, di stadium yang berbeda, Yagumo dan Shark juga memulai duel yang sudah ditakdirkan!?   ...

Duel melawan Kaiser Ryo yang telah dinantikan! Manjome menguasai Duel setelah memanggil Light and Darkness Dragon yang merupakan kartu terkuatnya!! Tapi, Kaiser yang dilawannya malah tampak santai!? Sementara itu, untuk menolong Hibiki, Judai memulai duel kegelapan melawan Mackenzie!! ...

Kite dan Ryoga tertangkap oleh jebakan Shadow. Untuk menyelamatkan mereka berdua, Yuma menantang duel pada Shadow dengan aturan khusus. Yuma menghadapi pertarugan berat di mana dia harus membagi life point-nya sendiri untuk mereka berdua agar tetap hidup. Akan tetapi, kekuatannya mempercayai orang melahirkan kekuatan baru!! ...

Siapakah yang akan bertahan hidup di dunia ingatan RPG? Pharaoh atau Zork? Kunci kemenangannya adalah nama Pharaoh yang belum diketahui!! Demi menyelamatkan sahabatnya yang terpisah, Yugi menantang belahan diri Basuka dalam game kegelapan yang mempertaruhkan nyawa. Dapatkah dia menemukan nama Pharaoh!? ...

Sebuah toko game baru, Black Clown, dibuka di kota Domino. Karena sangat menarik, Yugi dan kawan-kawan memutuskan untuk ikut mengantri guna mendapatkan game baru D.D.D. Namun, ada hal yang tak diketahui Yugi, bahwa pemilik Black Clown adalah ayah Ryuji Otogi, siswa baru di kelas Yugi, yang memiliki ambisi sangat besar untuk mengalahkan Yugi dan meraih predikat sebagai pemilik Millennium Puzzle yang baru! Sementara itu, Kaiba menemukan sebuah kenyataan mengejutkan terkait 'masa lalu' dia ...

Yugi dan Jounouchi sama-sama berhasil menang dari lawan-lawannya. Kini, tinggal satu langkah lagi menuju kejayaan! Selanjutnya, Yugi maju menantang Pegasus untuk meneruskan tekad teman-temannya. Panggung pertarungan terakhir pun dibuka!! Masalahnya, mampukah Yugi mengatasi Pegasus yang mengandalkan kekuatan Millenniun Eye-nya? Terbukti bahwa Millennium Eye selalu mampu menembus pikiran setiap lawannya dengan mind scan. Apa strategi Yugi untuk mengatasi itu? ...

"Yugi memilih untuk kalah dalam duel saat Kaiba mempertaruhkan nyawanya. Akibatnya, Yugi terancam kehilangan hak mengikuti pertandingan final. Di saat kritis, Mai datang dan mengembalikan star chip yang pernah ia pinjam dari Yugi. Tapi, ternyata mereka ditakdirkan harus berhadapan dalam pertandingan final pertama: Yugi vs Mai! Karena terburu-buru ingin menang untuk melawan Pegasus, Yugi malah terdesak oleh permainan Mai! Dan kini, nasibnya berada di ujung tanduk!" ...

Kite bermaksud menyembunyikan Haruto agar tidak terlibat perang besar Numbers, tapi Yagumo merebut Haruto dan mengutus pembunuh menghadangnya! Yuma juga bergegas menuju tempat itu, tapi Kite tak berdaya... Apa ada sesuatu yang dapat Kite lakukan!? ...