Ingatan Komaki akan Yui tiba-tiba menghilang. Riku yang menduga Yui berubah menjadi kanshu pun ditangkap FLAG untuk diinterogasi. Namun, dia berhasil kabur berkat bantuan Nene dan mereka bersembunyi di Rumah Sakit Kazama, dan di sana tiba-tiba muncul sumber infeksi yang ternyata dulunya adalah mantan ketua FLAG. ...

Virus mematikan menyerang manusia hingga berubah menjadi monster yang disebut Kanshu. Hanya organisasi FLAG yang tahu tentang hal ini dan mereka berusaha mencari sumber virus tersebut. Anggota organisasi ini memiliki kekuatan khusus sehingga hanya mereka yang dapat mengalahkan Kanshu.    Suatu hari, pesan yang diterima Riku Amami dari Amane yang telah meninggal, justru membawanya dalam konflik antara FLAG dan Kanshu. Anak kecil yang lahir dari kepompong pun kemudian ...

Seorang pria misterius menyusup masuk ke markas pusat FLAG. Dia menghabisi pengguna Jinki dan mengambil nukleus mereka. Ternyata pria itu ingin membawa Riku dan Nene keluar dari sana. Apa tujuan pria itu? Mampukah Yohei dan Rina menghalanginya? Dan rahasia apa yang dimiliki Nene? ...

Saat sedang mengejar kanshu, Riku bertemu dengan Takao. Dia mengejar Togo dan ingin mengambil "sesuatu" darinya. Apa yang dimaksud "sesuatu" oleh Takao? Lalu bagaimanakah hubungan Riku dan Rena setelah dia melihat potongan ingatan Rena yang telah hilang? ...

Begitu tersadar, Riku sudah berada di Pulau Hatsumi 7 tahun yang lalu!! Di sana, dia melihat bagaimana awal dari semuanya. Apakah akhirnya Riku akan mengetahui teka-teki dari Shiro Karasawa, Kyuuki, dan Kanshu? ...

Kekuatan inti jinki Riku yang mulai memudar menyebabkan dia dilarang ikut bertarung. Di tengah proses penyembuhan, Togo memberi tahu Riku bahwa Amane bukanlah adik kandung Shizuru!! Siapakah jati diri Amane yang sebenarnya? ...

Riku bertemu kembali dengan Nene! Tapi, Nene telah berubah menjadi Kak Amane yang juga merupakan otak dari semua penyerangan kanshu. Apakah Riku berhasil membawa Nene kembali dan menyelamatkan dunia? ...