Fujimaru cs berhasil menghentikan pembajakan reaktor nuklir di saat-saat terakhir. Namun, mereka gagal menangkap otak utama kawanan teroris. Sementara itu, Alexei Hino teroris tewas akibat pengkhianatan Peter Pan. Apa yang menjadi tujuan Peter Pan sang hacker keji itu!? Apa ada hubungannya dengan pertemuan tingkat tinggi antara Jepang dan Amerika!? ...

Fujimaru yang menyadari rencana Magic Bullet Shooter untuk membajak reaktor nuklir Mirai menyusup ke ruang server Mirai bersama Hibiki dan berhasil menguasai kembali sistem. Tapi, dia kini dikelilingi oleh teroris. Belum lagi "serangan" Peterpan yang kemudian mengetahui operasi Haruka, adiknya! Sementara itu, cinta bersemi di antara Fujimaru dan Hibiki... ...

Akibat pendarahan yang dialaminya, Ryunosuke Takagi akhirnya tewas. Tapi, Fujimaru tidak gentar untuk terus berusaha menghentikan langkah teroris. Lewat pemancar yang ditinggalkan sang ayah, mereka bisa mengetahui posisi lawan yang ternyata punya rencana lebih gawat, yaitu meledakkan reaktor nuklir! Fujimaru pun pergi ke lokasi untuk menggagalkan rencana teroris, tapi dalam usaha tersebut, Hibiki yang berada bersamanya tertembak... ...

Dengan kecerdikannya, Fujimaru untuk sementara berhasil menunda lawan mengungkap identitas dirinya. Tapi, di lain pihak, Alexei mengetahui kalau Ryunosuke Takagi, ayah Fujimaru, adalah mata-mata! Apa yang akan dilakukannya terhadap Ryunosuke!? Sementara itu, "Kaisar Ketiga" siap membumihanguskan Tokyo hanya dalam hitungan kurang dari dua jam... ...

Setelah Alexei Hino alias Arthur bebas, Magic Bullet Shooter memulai pencarian Kaisar Ketiga, yang bahkan tidak diketahui keberadaannya oleh Arthur. Tak disangka, kunci untuk menemukan Kaisar Ketiga adalah orang yang ada hubungannya dengan Fujimaru! Sementara itu, saat sedang meng-hack sistem perusahaan gas untuk mengetahui rencana lawan, Fujimaru tertangkap oleh Peter Pan, hacker hebat yang delapan tahun lalu pun berkemampuan setara dengannya. Lokasi mereka pun diketahui dan para ...