Semua murid kelas 3-A berusaha menyatakan perasaan mereka pada Negi, namun Negi mengucapkan hal yang tak disangka-sangka!? Kekacauan pun terjadi di festival olahraga Mahora. Sementara itu, waktu kepergian Asuna semakin dekat, dan perpisahan pun tak terelakkan... Inilah jilid terakhir kisah magis yang penuh teka-teki ini! ...

Selagi bertarung dengan Fate, tanpa sengaja Negi dapat melihat masa lalu Fate. Melihat hal tersebut, Negi kembali membujuk Fate untuk berpihak kepadanya! Sementara itu, ritual dengan Asuna sebagai pusatnya akan dimulai dalam 5 menit. Hanya anak-anak kelas 3-A Perguruan Mahora yang bisa merebut kembali Asuna... ...

Sepulangnya dari dunia sihir, murid-murid kelas 3-A perguruan Mahora kembali ke kehidupan semula. Ada yang menata ulang perasaan mereka, ada juga yang bingung memikirkan masa depan. Sementara itu, Negi dan Asuna jarang terlihat di sekolah. Apa sebenarnya rencana Negi untuk menyelamatkan Mundus Magicus? ...

Negi, dkk akhirnya berpencar sesuai rencana, namun akibat satu serangan Dynamis, Negi terjatuh dalam erosi kegelapan dan mengamuk! Para anggota kelas 3A Perguruan Mahora terpaksa bergerak sendiri untuk menyelesaikan misi mereka. Tapi, ketika mereka hampir berhasil membawa Asuna dan merebut Great Grandmaster Key, muncul tiga orang yang sangat mirip dengan Fate... ...

Negi dkk berhasil masuk ke markas musuh, namun sosok yang sepertinya Zazie menghentikan langkah mereka. Dalam sekejap tiba-tiba Negi dkk kembali ke Perguruan Mahora dan keadaan seolah tak pernah terjadi apa pun! Apa yang sebenarnya terjadi? Kenapa Zazie menyebut dunia tersebut sebagai Cosmo Entelecheia!? ...

Kehancuran dunia sihir dimulai! Satu persatu wilayahnya terhapus oleh badai tornado sihir. Negi dan Fate pun akhirnya berhadapan. Pertarungan antara dua musuh bebuyutan ini pun tak terelakkan! Sementara itu, di batas antara dunia sihir dan dunia nyata perlahan memudar... ...

Para siswi kelas 3-A yang dipaksa Pal untuk ber-pactio panik. Mulai dari Natsumi yang berusaha menghindari Kotaro, Gu Fei yang menantang Negi untuk bertarung jika ingin pactio dengannya, sampai Chachamaru yang murung karena bingung dirinya memiliki jiwa atau tidak. Sementara itu, Kurt Godel memperlihatkan sekelumit masa lalu orangtua Negi yang belum diketahuinya... ...

Final turnamen bela diri antara tim Nagi-Kotaro dengan Rakan-Kagetaro pun dimulai! Negi awalnya mengejutkan Rakan dengan kekuatan barunya, tapi Rakan, sang pahlawan legendaris anggota Ala Rubra, dengan segera berhasil membalikkan keadaan. Apa Negi bisa memenangkan turnamen dan membebaskan Ako cs!? ...

Setelah membebaskan Ako cs, Negi dan teman-temannya pun mulai merancang rencana pulang ke dunia nyata. Sementara itu, di pusat kota, Negi, Asuna, dan Nodoka berpapasan dengan Yue! Walaupun terkejut melihat Yue tidak mengingat apa pun, Negi berhasil membuktikan bahwa dia memang magister dari Yue. Tapi, tiba-tiba muncul Gubernur Jenderal Ostia, Kurt Godel, yang mengaku mengetahui rahasia yang menyelimuti kehidupan Negi... ...

Negi yang ingin mengalahkan Fate Averuncus akhirnya memutuskan mengambil jalan kegelapan, yaitu mempelajari Magia Erebea milik Evangeline. Tapi, dalam usahanya mendapatkan kekuatan itu, nyawanya terancam bahaya! Sementara itu, Asuna dan Setsuna bergabung dengan Kaede dan Konoka. Lalu, Yue yang masih kehilangan ingatannya mengikuti seleksi untuk menjadi pasukan pengamanan festival Ostia, agar bisa bertemu dengan Negi... ...

Jati diri Colonel yang misterius mulai membuat Negi curiga. Agar bisa berhadapan dengan Colonel di final, Negi berjuang habis-habisan! Ia harus membuktikan kecurigaannya. Andaikan benar, ia bisa bertemu kembali dengan Ayahnya, Sang Thousand Master. Apakah perjuangan Negi akan membuahkan hasil atau sia-sia belaka? Pertandingan final yang mendebarkan! ...

Asuna Cs yang bertekad menggagalkan rencana Chao berusaha untuk melepaskan Negi. Negi sendiri juga terus berjuang agar bisa lepas dari kurungannya. Setelah berhasil berkumpul kembali, mereka harus segera pergi ke pusat Tree of the World agar dapat menggunakan Cassiopeia. Bila gagal, rencana Chao akan berhasil dan rahasia dunia sihir akan terbongkar ke seluruh dunia! ...

Demi memperkuat kemampuan dirinya, Negi berniat untuk berguru pada Evangeline. Namun, syarat yang diberikan Evangeline cukup berat, menyentuh Chachamaru dalam pertemuan satu lawan satu dengan cara apapun! Mampukan Negi melakukannya? Sementara itu, musuh mulai bergerak dan Negi terpaksa menceritakan rahasia masa lalu ayahnya, Thousand Masters, kepada Azuna... ...